NTV'de Mehmet Barlas ile birlikte yeniden Yorum Farkı programına başlayan Prof. Emre Kongar, gerek yazıları gerekse söylemleriyle AK Parti'ye yönelik sert eleştiriler yöneltmekteydi. Programın geçen sezondaki bölümlerinde de iktidar partisine yönelik oldukça sert söylemlerde bulunan Kongar, terör konusunda ise AK Parti'ye bazı konularda hak verdi.

2000'li yılların başlarında terörün neredeyse bitme noktasında olduğunu hatırlatan Emre Kongar, terör konusunda değerlendirmesini yapmadan önce Barlas'a, "Ben bir başka şeye işaret edeceğim. Belki siz de o noktaya benim işaret etmeme hayret edeceksiniz" diyerek imalı bir ifade de bulundu.

AK Parti'nin iktidara gelmesinden sonra terörün yükselişe geçtiğine işaret eden Kongar, sözlerini şöyle sürdürdü:

"Gerçekleri görmek lazım. AKP, 2002 seçimlerini kazandı. 2003 yılından itibaren iktidardaydı ve terör derhal yükselmeye başladı. Şimdi bu yanlış bir bağlantı. Çünkü terör 2003'ten itibaren yükselmeye başladı ve 2003'ten itibaren AKP iktidardaydı. Ama terörü yükselten faktör AKP iktidarı değildi. Onu vurgulayalım. Terörü yükselten faktör Amerika'nın Irak'ı işgaliydi. Yani Amerika Irak'ı işgal ettikten sonra terör hem teknolojik olarak kullanılan silahlar açısından, hem siyasal olarak bir kaç aşama sıçradı."