İzmir ili Selçuk ilçesinde, Selçuk Kalesi’nin bulunduğu Ayasuluk Tepesi’nin güneyinde bulunan bu kiliseyi Bizans İmparatoru Iustinianus (527–565) MS. VI. yüzyılda Aziz St. Jean adına daha önceki yapı kalıntılarının üzerine yaptırmıştır.

Tarihçi Eusibos’tan öğrenildiğine göre St. Jean MS.37–42 yıllarında Kudüs’ten ayrılmak zorunda kalmış, Anadolu’ya gelerek Hıristiyan dinini yaymaya çalışmıştır. Aziz Paulos’un öldürülmesinden sonra Ephesos’ta bulunan bugünkü yapıdan önce var olan bir kilisenin başına geçmiştir. Ölümünden sonra vasiyeti uyarınca bu kiliseye gömülmüştür. MS. VI. yüzyılda Hıristiyanlık Ephesos’ta güçlenince de mezarının üzerine ahşap çatılı bir bazilika yapılmıştır. Günümüze gelen kilise ise Bizans İmparatoru Iustinianus (527–565) tarafından MS. VI. yüzyılda yaptırılmıştır.

MS. VII. ve VIII. Yüzyıllarda Arap akınları Selçuk’ta da etkili olunca, kesme taş ve tuğladan yapılmış olan kilisenin çevresi surlarla kapatılmış ve böylece şehir ile birlikte koruma altına alınmıştır. Kilisenin çevresi 20 kule ve surlarla çevrilmiş, Ephesos’a yönelik görkemli bir de kapı yapılmıştır. Bu kapıdan içerisine girilen kilisenin duvarlarında Troia kahramanlarından Achileus’un yaşamı ile ilgili bir friz bulunuyordu ki bu friz günümüzde Abbey Galeri’sinde bulunmaktadır. Kapıdan sonraki Atrium 34.70x47.00 m. ölçüsünde olup, arazi konumu buradaki duvarların yükseltilmesi ile giderilmiştir. Bu Atrium diğer bazilika Atriumlarından farklı bir plana sahiptir. Orta avlu, portikler ve gezinme yerleri olmak üzere üç bölümden meydana gelmiştir. Oldukça yüksek platform üzerindeki bu alanı genişletmek için de altına bazı yapı tesisleri yerleştirilmiştir. Portikin çevre duvarlarında batıda 13, güneyde 10, kuzeyde de 10 niş bulunmaktadır. Atriumun doğusunda beş kapı vardır. Bu kapılardan üçü narteks ile orta avlu arasındadır. Diğer iki kapı ise kuzey ve güney portiklerinin doğusundadır.

Atrium ile nefler arasında uzanan beş küçük kubbeli narteks ince uzun dikdörtgen planlıdır. Kilisenin ibadet bölümü haç planlı, üç nefli ve klasik bazilika plan düzenindedir. Bu bölümün üzeri altı büyük kubbe ile örtülmüştür. Bunlardan ikisi orta nefin, ikisi transeptlerin, ikisi de orta mekânın üzerini örtmektedir. Kubbeleri taşıyan mermer ve tuğla ayaklar nefleri de birbirlerinden ayırmıştır. Sütun başlıklarının orta nefe bakan bölümlerinde İmparator Iustinianus ile karısı Theodora’nın monogramları görülmektedir. Aziz Jean’ın mezar odası ise orta nefin sonunda ve apsidin de önündedir. Bu bölüm iki basamakla yükseltilmiş ve daha belirgin bir şekle sokulmuştur.

Kilisenin arkasında bulunan hazine binası X. yüzyılda şapele dönüştürülmüştür. Bu şapelin apsidine Hz. İsa’nın, Aziz Jean’ın ve diğer kilise büyüklerinin freskleri yapılmıştır. Bu şapelin yanı başındaki kuzey nef boyunca uzanan dar bir koridorun sonunda da vaftizhane bulunmaktadır. Vaftizhane çevresinde dar koridor ile iki salon vardır. Buradaki salonun ortasına ise iki yanı merdivenli yuvarlak bir vaftiz havuzu yerleştirilmiştir. Bu vaftizhanenin İmparator Iustinianus’tan önce V. Yüzyılda yapılan ilk kiliseye ait olduğu sanılmaktadır.

St. Jean Kilisesi’ndeki çalışmalar ilk defa 1921–1922 yıllarında Yunanlılar tarafından başlamış, Kurtuluş Savaşı’ndan sonra da Avusturya Arkeoloji Enstitüsü 1927–1930 yıllarında buradaki çalışmaları sürdürmüştür. Eski Eserler ve Müzeler Genel Müdürlüğü 1957–1958 yıllarında restorasyon çalışmalarına başlamış, kuzey nefteki ikinci kat sütunlarını ayağa kaldırmıştır. Bu arada Ord.Prof.Dr. Ekrem Akurgal başkanlığında, Efes Müzesi’nin de katkıları ile çevre düzenlemesi yapılmıştır. Günümüzde çalışmalar devam ettirilmektedir.