İzmir Selçuk ilçesinde, antik Ephesos kentinin sınırları içerisinde, Bizans hamamlarının karşısında bulunan bu kilise, antik kentin güney kapısından girildikten sonra batıya uzanan yol üzerinde yer almaktadır. Kilise büyük olasılıkla MS. II. Yüzyılda İmparator Hadrianus (117–138) devrinde yapılmış Roma dönemine ait bir yapının üzerine Bizans döneminde bazilika olarak yapılmıştır. Bu dönemde Meryem Ana’ya adanan yapıda 431–438 yıllarında konsül toplantıları yapılmıştır. Bu kilisede 431.Konsil toplanmış ve Hz. Meryem’in Tanrı anası olduğu kabul edilmiştir.

Bu yapıyı J.Keil, Mousion olarak tanımlamış, E.Reisch bu yapının borsa binası (Deigma) olduğunu iddia etmiştir. Bu kalıntı üzerine yapılan kilise Aziz Markus adına izafe edilmiştir. Burada yapılan kazılarda 1904 yılında ortaya çıkarılan bir kitabede de kilisenin Hz. Meryem için yapıldığı belirtilmiştir. Bu bakımdan yapının kimin adına yaptırıldığı kesinlik kazanamamıştır.

Kilisenin ilk yapımında üç nefli olduğu, daha sonra yapılan ilavelerle beş nefe çevrildiği sanılmaktadır. Kilise 26.50x29.50 m. ölçüsündedir. MS. VII. Kilisenin apsidine açılan bir kapı ile geçilen ikinci bir kilise yanına yapılmış ve böylece kilisenin adı Çifte Kiliseler’e dönüşmüştür. Bunun yanına da papazların yaşadığı bölümler eklenmiştir.

Yapı kesme taştan dikdörtgen planlı olup, önünde sütunlu bir girişi bulunmaktadır. Kilisenin narteksi taban mozaikli olup, ayrıca vaftiz yerinin ortasına da vaftiz havuzu yapılmış ve bu bölümün duvarlarına kabartma haç motifleri yerleştirilmiştir.