İzmir ili Çeşme ilçesinde deniz kıyısında bulunan kaleyi Sultan II. Beyazıt zamanında, 1508 yılında, Aydın Valisi Mir Haydar tarafından Mimar Ahmet oğlu Mehmet’e yaptırmıştır. Bazı kaynaklarda kalenin XIV. yüzyılda Cenevizliler tarafından ilk defa yaptırıldığı yazılı ise de bunu belirten herhangi bir kaynağa rastlanmamıştır. XVII. yüzyılda Çeşme deniz savaşı burada olmuş, kale tahrip edilmiş ve XVIII. yüzyılda restore edilmiştir.

İlk yapılan kale deniz kıyısında idi. Sonraki yıllarda denizin doldurulması ile kale denizden kısmen uzaklaşmıştır. Kale kesme taştan yapılmış olup, ikisi sırtlarda bulunan dört burçlu bir kaledir. Kalenin h.914 (1508) tarihli kitabesi günümüze gelebilmiştir.

Kitabe:

“Hisar-ı Aynı cedid kıldı bünyad
Müverrih dedi tarihin hoş âbâd”.

Bu kitabedeki hoş âbâd sözcüğünün harfleri ebced hesabına göre h.914’ü göstermektedir. Ayrıca kitabenin altında da rakamla h.914 (1508) tarihi yazılıdır.

Evliya Çelebi bu kale ile ilgili Seyahatnamesi’nde bilgiler vermektedir:

“Çeşme kalesi denizin dudağında bir alçak kaya üzerine yapılmıştır. Batı tarafı deniz, doğu tarafı bayırlı bir sahra ve dağlardır. Dağların üstleri tamamen bağdır. Kalenin içindeki bütün evler, batı tarafında, Sakız Adası’na ve denize bakan yerlere yapılmıştır. Elli kadar olan bu evlerin damları toprak örtülüdür. Kalenin dizdarı ve 185 kale muhafızı erler bu evlerde otururlardı. Dört köşeli kalesi safi taştan yapılmış çok güzel hoş âbâdır. Kale doğudan batıya doğru uzunca yapılmıştır. Uzunluğu yokuş aşağı hendek kenarınca 200, eni 150 adımdır.

Kalenin çepeçevre yüzölçümü 700 adımdır. Üç tarafı derin ve büyük hendektir. Lâkin batı tarafını teşkil eden kayaları deniz dövdüğü için burada hendek yoktur. Kalenin kıbleye bakan çok sağlam demir kapısı varoşa açılır. Kapı önünde hendeğin üstünde zemberekli bir asma köprüsü vardır. Bu kapıdan sonra içeride bir kat demir kapı daha vardır. İç Kaleye iki kapıdan girilmiş olur. İkinci kapı kuzeye açılır. Bu kapının üzerinde Sultan Beyazıt Veli’nin fevkâni camii vardır. Venedik gemileri buraya gelmiş, kaleyi boş bulmuş ve işgal etmişlerdi. Kalenin demir kapılarını camiinin altın âlemlerini almışlar ve kaleyi yer yer yıkarak savuşup gitmişlerdi. Sonra padişahın fermanı ile Ak Mehmet Paşa Sakız Adası muhafızı iken bu çeşme kalesini tamir etmiş bir ak inci haline getirmiştir. Bu sırada camiyi esaslı bir şekilde tamir ettirmiş, altın âlemlerle süslemiştir. Kale kapılarını da 50’şer kantar ağırlığında yeniden demirden yaptırmıştır. Hendekleri 20’şer arşın derinleştirmek sureti ile temizlettirmiştir. Kalenin deniz tarafına bakan yerine iki büyük tabya yaparak her birine balyemez topu yerleştirmiştir. Mahzenlerini de binlerce kantar siyah barutla doldurmuştur.

Kalenin kaçan muhafızlarının gelirlerini keserek yeniden muhafızlığa tayin etmiştir. Kale böylece çok sağlam olmuş, yeniden can bulmuştur. Fakat cami henüz kiremit örtülüdür. Ama kale inci gibidir. Bembeyaz kuğu gibi tepeye kurulmuştur. Bir defa kaleye saldırmak isteyen küffarın kapudane gemisi kaleden atılan bir topla suyun dibine batmıştır. Bundan sonra küffar gemileri bir daha çeşmeden sulanmaya tövbe etti. Mağlup ve perişan dönüp gitti. Sonra sömbeki dalgıçları batan düşman gemisinden birçok para, cephane, iki yatırtma tunç top ve daha başka toplar çıkardırlar. Bütün toplarla çeşme kalesini zenginleştirdiler. Allah evvelce düşmanın kaleden aldıklarının on mislini ihsan etmiş oldu.

Çeşme Kalesinin çok güzel limanı vardır. Bütün büyük Barca ve Karavala kalyonlar burada yatarlar. Zira bu liman gayet iyi demir tutar. Çok güzel yatak limandır. Fakat batı ve karayel ve yıldız rüzgârlarından sakınmak gerektir. Böyle havalarda demir atarken dikkat etmek lazımdır. Zira limanın ağzı bu üç rüzgâra karşı açıktır. Bu rüzgârlar burasını çok şiddetli tutar ama hamis rüzgârından çok emindir. Bir mürsel paresi (gemi) ip ile bir kalyon yatsa korkulmaz.”

Sonraki yıllarda kaleye bir takım ekler yapılmış, antik yerleşim alanlarından taşlarla takviye edilmiştir. Çeşme Kalesi günümüzde Kültür ve Turizm Bakanlığı yönetiminde 1965 yılında müze konumuna getirilmiştir. Müzede teşhir edilen eserlerin büyük çoğunluğu İstanbul Topkapı Sarayı Müzesi’nden getirilen ateşli ve kesici silahlardan oluşmaktadır. Başlangıçta Kale Müze olan bu yapı çevredeki 1964 yılından beri kazısı devam eden Erythrai (Ildırı) antik kentinden getirilen buluntu ve kalıntılarla arkeoloji müzesine dönüşmüştür.

Günümüzde Türkiye’nin Bodrum Sualtı Arkeoloji Müzesi’nden sonra ikinci sualtı müzesidir. Ayrıca her yıl düzenlenen Uluslararası Çeşme Müzik Yarışması Çeşme Kalesi’nde yapılmaktadır.