İzmir ili Selçuk ilçesinde, Ayasuluk Kalesi ile St. John Kilisesi’nin bulunduğu tepenin batı yamacında olan bu cami, kapı üzerindeki kitabesinden öğrenildiğine göre h.776 (1375) tarihinde Aydınoğlu İsa Bey tarafından yaptırılmıştır. Mimarı Ali Bin Müşeymeş ed-Dımışki’dir. Aydınoğlu İsa Bey’in vakfiyesi günümüze gelemediğinden bu cami ile ilgili bilgiler eski gezginlerin yazdıklarından öğrenilmektedir. Evliya Çelebi bu yapıdan söz ederken kitabesini de kaydetmiştir.

Kitabe:
“Rahman ve Rahim olan Allah\'ın adıyla bu mübarek caminin inşa edilmesini büyük sultan, Millet fertlerinin maliki, İslam’ın ve Müslümanların sultanı, Devletin, dinin ve dünyanın medarı iftiharı Aydınoğlu Mehmet oğlu İsa emretti. Tanrı mülkünü ebedi kılsın. Ali İbni Dımışki yaptı ve bunu Şevval ayının 9\'unda ve 776 (1375) senesinde yazdı”.

Cami Selçuk’un (Ayasuluk) Osmanlı yönetimine girmesinden sonra önemini yitirmiş ve cami de kendi haline terk edilmiştir. Zamanla harap olan bu yapı XIX. yüzyılın sonlarında çok bakımsız duruma gelmiştir. XIX. yüzyılın sonlarında bir süre kervansaray olarak kullanılmış, bu sırada da yapıda bir takım değişiklikler meydana gelmiştir. Örneğin; güney duvarındaki mihrap sökülmüş ve yerine bir kapı açılmıştır. XIX. yüzyılın sonlarında kırılan, parçalanan mihrabın üst kısmı İzmir Kestanepazarı Camisi’ne götürülmüş ve oradaki mihrabın üzerine yerleştirilmiştir. Mihrap üzerindeki kitabe frizi de yine İzmir’e götürülmüştür. Ayrıca kuzey ve doğu yönlerindeki kapılardan kitabeler başta olmak üzere mimari parçaları da yerlerinden sökülmüştür. Bu kapıların kitabelerin XIX. yüzyılın sonlarında İzmir’e götürüldüğü kaynaklardan öğrenilmektedir. Yalnızca doğu kapısındaki kitabe Çorapkapı Camisi’nin mihrabı üzerine, kuzey kapısı üzerindeki kitabe de Kestanepazarı Camisi’nin son cemaat yerindeki pencere üzerine yerleştirilmiştir.

İsa Bey Camisi Avusturya Arkeoloji Enstitüsü’nün Efes’te yaptığı kazı çalışmaları sırasında G.Niemann 1895’te bu yapıyı da incelemiş ve küçük çapta da olsa düzenleme çalışmaları yapılmıştır. Sonraki yıllarda Milli Eğitim Bakanlığı ve İzmir Vakıflar Müdürlüğü 1934 yılında ortaklaşa bir restorasyon çalışması yapmıştır. 1988 yılında ise Vakıflar Genel Müdürlüğü yapıyı bir kez daha restore etmiş ve düzenlemiştir.

Yapının bulunduğu alanın bir yamaçta olması, kuzey ve doğu cephelerini büyük ölçüde etkilemiştir. Bu nedenle de kuzey ve doğu cephelerinde çok az sayıda pencere açılmıştır. Ancak yapının anıtsal görünümü düz bir arazide bulunan güney ve batı cephelerinde açıkça görülmektedir. Batı cephesinde diğer cephelerdeki kesme taş, kireç taşı ve devşirme malzeme uygulanmamış, bütün yüzey düzgün devşirme bloklarla kaplanmıştır. Bezeme yönünden de bu cephe diğerlerinden daha farklı görünümdedir.

Cami enine gelişen iki nefli bir ibadet mekânı ile buna kuzey yönünde eklenen revaklı bir avludan meydana gelmiştir. Batı cephesinde cami ile avlu duvarlarının birleştiği noktada anıtsal bir giriş kapısı bulunmaktadır. Kapının iki yanında, zemin kısmında sıra halinde nişler görülmektedir. Günümüzde camekânla kapatılan bu nişlerin aslında aptes alma muslukları olarak kullanıldıkları sanılmaktadır. Bu nişlerin üzerinde bulunan pencereler iki sıra halinde tüm cepheyi kaplamaktadır. Böylece yapıya, alt sırada nişler, üst sırada da pencerelerle cephe üçlü bir görünüm verilmiştir. Buradan iki yandaki merdivenlerle çıkılan mermerden bir taç kapı yer almaktadır. Bunun üzerine de günümüzde şerefeden yukarısı yıkılmış olan minare yerleştirilmiştir. Doğu kapısının üzerinde de bu minarenin bir benzerine yer verilmiştir. Ancak bu minare günümüze ulaşamamış, XVII. Yüzyıldaki gravürlerde de görülmemektedir.

Giriş kapısından dikdörtgen planlı, ortasında sekizgen bir havuz olan avluya girilmektedir. Avlunun üç yönden revakla kuşatıldığı günümüze gelebilen izlerden anlaşılmaktadır. Antik yapılardan buraya getirilmiş 12 sütun bu bölümün revaklarla kuşatıldığının kanıtıdır. Geniş kemerlerle birbirine bağlanan bu sütunlar ve duvarlardaki konsollar, tuğla kemer izleri, revaklarının üzerinin örtülü olduğunu da göstermektedir.

Caminin ibadet mekânı 18.00x48.00 m. ölçüsünde dikdörtgen planlı olup, ortasındaki sekizer metre aralıklarla dizilmiş dört granit sütunla iki eşit sahna ayrılmıştır. Bunlar mihrap yönünde dik bir sahınla (transept) kesilmiş ve ortaya çıkan birbirine eşit iki mekân yan yana 9.00 m. çapında yüksek kasnaklı birer kubbe ile örtülmüştür. Sekizgen kasnaklı olan bu kubbelerden birincisine Türk üçgenleri ile diğerine de pandantiflerle geçilmiştir. Buradaki büyük sütunların antik limanın yanındaki hamamdan getirildiği sanılmaktadır. Bu kubbelerin dışında kalan bölümler çift meyilli çatılarla örtülmüştür.

İsa Bey Camisi Aydınoğulları dönemini yansıtan mimarisinin yanı sıra bezemeleri ile de dikkati çekmektedir. Batı cephesindeki pencere ve giriş kapısı üzerinde zengin ve renkli taş bezemelerle karşılaşılmaktadır. Ayrıca pencerelerde geçme örnekleri ile düğümlü geçmeler birlikte kullanılmıştır. İbadet mekânında mihrap önü kubbesi mozaik çini tekniğinde yapılmış pandantifleri firuze, kahverengi ve koyu mavi renkte çinilerle kaplanmıştır. Bu çinilerin arasına tuğlaların yardımı ile altı köşeli yıldızlar ve altıgenlerden meydana gelen geometrik bir bezeme meydana getirilmiştir.