Eski İzmir kenti (Smyrna) körfezin kuzeydoğusunda yer alan ve yüzölçümü yaklaşık yüz dönüm olan bir adacık üzerinde kurulmuştu. Son yüzyıllar boyunca Meles Irmağı Sipvlos (Yamanlar) Dağı´ndan gelen sellerin getirdikleri mil ile bugünkü Bornova ovası oluştu ve yarım adacık bir tepe haline dönüştü.
Şimdi Tepekule adını taşıyan bu höyüğün üzerinde Tekel Müdürlüğü´nün İzmir Şarap ve Bira Fabrikasına ait numune bağı bulunmaktadır. 1955´ten beri yoğun gecekondu bölgesi olan bu çevrede İzmir´deki ilk yerleşim yeri olarak tespit edilen İzmir Höyüğü bulunur. Buradaki ilk kazılarda Türk Tarih Kurumu ile Eski Eserler ve Müzeler GENEL Müdürlüğü”nün katkıları büyük olmuştur.
Batı Anadolu kıyılarındaki ilk yerleşimler genelde ki bunlar Troya Savaşlarını sonra kurulan Aiol, Ion ve Dor kökenlidir, küçük yarımadalar üzerinde kurulmuştur. Bunlar, Çandarlı, Foça, İzmir, Klazomenai, Miletos ve İasos gibi yerleşimlerdir. Bunun nedeni yerleşim yerlerini kuran ve oturan insanların daha çok Hellenli ve den olmalarıdır. Böylece yarımada yerleşikleri hem iki limana sahiptiler, hem de kara denizden gelecek saldırılara karşı güvence içindeydiler. Elverişsiz havalarda limanlardan biri uygun olmadığı taktirde gemiciler diğer limanı kullanma şansına sahiplerdi. Bayraklı Höyüğü körfezin kuzeydoğu köşesinde, kuzeyine sarp kayalı Yamanlar Dağı´nı da alarak karadan gelecek saldırılara karşı rahat bir konumdaydı. Güneyi imbata açıktı. Eski İzmir yerleşimi yaklaşık 3000 yıl boyunca bu yarımada üzerinde ver aldı. M.Ö. 4. Yüzyılın ikinci yarısında büyük nüfus artışı yüzünden bugünkü Kadifekale eteklerine taşındı.